Varžybų sistema išliko nepakitusi: 12 ekipų dviejų ratų sistema kovos dėl stipriausios Kauno apskrities komandos vardo. Pirmajame rate ekipos tarpusavyje sužais po kartą, o antrajame rate šešios komandos kovos dėl 1-6, o likusios varžysis dėl 7-12 vietų.

2012 metų KAFF pirmenybėse dalyvauti norą išreiškė šios komandos: Kauno ekipos - "Visas Labas", "Celsis", "United", "Aleksotas", "Triobet" (pastaba - "Fotofabrikas" laikinai pakeitė pavadinimą), "Hegelmann Litauen", "Oniksas", FBK "Kaunas" (buv. FK "Fortas"), Jurbarko "Vulkanas" ir "Mituva", Raseinių "Danspin" ir Kėdainių "Jaunimo rinktinė Nevėžis-2".

Pastaruosius keletą metų daugelio KAFF pirmenybių komandų namų aikšte buvo - Nacionalinės futbolo akademijos aikštynas. Ne išimtis bus ir šis sezonas. Keletos komandų namų aikšte gali būti "Inkaro" stadionas, o savo žiūrovus futbolu vėl džiugins Raseinių bei Jurbarko komandos. Kėdainiečiai savo "namų" rungtynes žais Kėdainių pagrindiniame stadione.

Pirmą kartą pirmenybių istorijoje vieną iš mėgėjų futbolo komandų palaikys gausus būrys futbolo fanų. Tokius "ultras" savo gretose turės, Kauno FK "Forto" pagrindu kuriamas, naujasis laikinosios sostinės futbolo bendruomenės klubas "Kaunas".