Visos komandos burtu keliu buvo suskirstytos į keturis pogrupius po penkias komandas. Jos pirmajame etape sužais po keturias rungtynes, su kiekviena ekipa po vieną kartą.

A Grupė:

1. Kauno FK "91 United"
2. Kauno "FM Spyris"
3. Kauno "FTB-Flintas"
4. Karmėlavos FK "Neris"
5. Kauno "Tebodin"

B Grupė:

1. Kauno FK "Aleksotas"
2. Kauno "Fotofabrikas"
3. Kauno FK "Visas Labas-2"
4. Kauno "11 M"
5. Kauno "FT-Golas"

C Grupė:

1. Kauno FK "Visas Labas"
2. Kauno "Švaitas"
3. Kauno "Nautaros Veteranai"
4. Kauno "VDU-Birštonas"
5. Kauno "Kermi-1"

Toliau varžybos vyks tokia sistema: Grupėse 5 vietą užėmusios komandos sudarys naują keturių komandų grupę kuri varžysis dėl 17-20 vietų. Grupėse 4 vietą užėmusios komandos sudarys grupę kuri kovos dėl 13-16 vietų. Grupėse 3 vietą užėmusios komandos sudarys grupę kuri kovos dėl 9-12 vietų.

1-2 vietas grupėse užėmusios komandos tęs kovą dėl nugalėtojų vardo, jos sudarys dvi naujas grupes po keturias komandas. Dvi grupės bus sudarytos tokia tvarka: pirmame grupių etape pirmas vietas užėmusios keturios komandos burtu keliu naujose grupėse pateks kaip pirma ir antra grupės komandos, antra vieta pirmame grupių etape užėmusios komandos naujose grupėse pateks burtu keliu kaip trečia ir ketvirta komandos. Komandos naujose dviejose grupėse (del 1-8 vietų) užėmusios 1-2 vietas kovos pusfinaliuose (pirmos su antromis vietomis), kurių laimėtojai žais finale, pralaimėjusios pusfinalius komandos žais dėl 3-4 vietų.

Trečias ir ketvirtas vietas naujose grupėse užėmusios komandos kovos pusfinaliuose (trečios su ketvirtomis vietomis), kurių laimėtojai žais dėl 5-6 vietų, pralaimėję pusfinalius žais dėl 7- 8 vietų.

Pirmąsias 2010 metų KAFF Žiemos pirmenybių rungtynes planuojama sužaisti Gruodžio 13 dieną, sekmadienį. Tvarkaraštis bus paskelbtas artimiausiu metu.