1-2 vietas grupėse užėmusios komandos tęs kovą dėl nugalėtojų vardo, jos sudarys dvi naujas grupes po keturias komandas. Dvi grupės bus sudarytos tokia tvarka: pirmame grupių etape pirmas vietas užėmusios keturios komandos burtu keliu naujose grupėse pateks kaip pirma ir antra grupės komandos, antra vieta pirmame grupių etape užėmusios komandos naujose grupėse pateks burtu keliu kaip trečia ir ketvirta komandos. Komandos naujose dviejose grupėse (dėl 1-8 vietų) užėmusios 1-2 vietas kovos pusfinaliuose (pirmos su antromis vietomis), kurių laimėtojai žais finale, pralaimėjusios pusfinalius komandos žais dėl 3-4 vietų.

Tokia pačia sistema antrajame etape žais ir grupėse 3-4 vietas užėmusios komandos. Penktąsias vietas grupėse užėmusios komandos sudarys naują grupę (dėl 17-19 vietų). Šios trys komandos tarpusavyje dviejų ratų sistema išsiaiškins vietas.

Visi pogrupiai:

A Grupė:
1. Kauno FK "Aleksotas"
2. Kauno FK "Fotofabrikas"
3. Kėdainių J.R. "Nevėžis-2"
4. Kauno FM "Tauras"

B Grupė:
1. Kauno FK "Visas Labas"
2. Kauno FBK "Kaunas-2"
3. "Alytus"
4. Kauno "Interas"
5. Kauno FK "Fortas"

C Grupė:
1. Kauno FK "91 United"
2. Kėdainių FK "Lifosa"
3. "Ramučiai"
4. Kauno FK "Virpstas"
5. Kauno FK "Oniksas"

D Grupė:
1. Kauno "Švaitas"
2. Kauno "Celsis"
3. Kauno "FT Golas"
4. Kauno "VDU"
5. Kauno FC "Hegelmann Litauen"