Svarsčius komandų skaičiaus klausimą pažymėta, jog didesnis skaičius nei 16 nėra optimalus ir tvarkaraščio atžvilgiu siekiant išlaikyti principą, jog I lygos rungtynės organizuojamos savaitgaliais.Po diskusijų LFF VK balsavimu nutarė 2016 metų sezonui patvirtinti 16 dalyvių skaičių. 14 iš jų dalyvavo pirmenybėse ir praėjusį sezoną.

Du lygos naujokai - II lygos Rytų zonos nugalėtojas Vilniaus "Vytis" (buvęs "TAIP") ir II lygos Pietų zonoje antrą vietą užėmę "Kauno Žalgirio" dubleriai Kauno "Hegelmann Litauen" (buvęs "Spyris-2"). Pavadinimą taip pat pakeitė Alytaus "Auska", kuri tapo Dzūkijos futbolo klubu "Dainava".

Pirmos lygos sezono startas planuojamas kovo 26-ąją.

2016 metų LFF Pirmos lygos dalyviai

1. Vilniaus "Žalgiris-B"
2. Gargždų "Banga"
3. Kazlų Rūdos "Šilas"
4. FK "Palanga"
5. Kėdainių "Nevėžis"
6. "Trakai-2"
7. FK "Panevėžys"
8. FK "Šilutė"
9. Telšių "Džiugas"
10. Radviliškio "Lokomotyvas"
11. FBK "Kaunas"
12. Kelmės "Kražantė"
13. Alytaus Dzūkijos futbolo klubas "Dainava"
14. "Vilniaus Vytis"
15. Kauno "Hegelmann Litauen"
16. Kretingos "Minija"